الإمام محمد بن عبدالله الخليلي والطبيب تومس
أبتلي الإمام الخليلي بنقصان في بصره لكثؤة صيامه وتقشفه في المعيشة بقى خمسة أشهر مكفوفاً فإحتاج إلى علاج الدكتور فأرسل إلى تومس الأمريكي من مسقط فلبى دعوته فعالجه فأبصر من إحدى عينيه وفي أثناء قيام الدكتور مع الإمام الخليلي طلب منه أخذ صورة تذكارية فقال الإمام هذا لا يجوز عندنا، فقال الطبيب: أنا أتحمل المسؤلية إن كان لا يجوز فأنا الذي أفعل غير الجائز لا أنت. فقال الإمام: ولكننا لا نعينك على المعصية. فتربص الطبيب له في مكان مشرف على باب الجامع إذا خرج الإمام من الجامع أخذ منه الصورة بلا علم فهيأ الألة وقعد عليها وقتاً طويلا ينتظر خروج الإمام من الجامع فلما كان خروجه إذ برجل مريض كله قروح نائم في ذلك المكان الذي فيه الطبيب فقفز هذا المريض بكل جهد وقوته فقبض على رقبة الطبيب وألقاه مستلقياً على قفاه فتصارعا والطبيب مندهش من هذا الأمر فلما قام المريض عنه إذا بالفرصة فاتت عليه فقد خرج من الجامع إمام المسلمين فرجع الطبيب فارغ الحقيبة من أصله كرامة للإمام.

قوة المطالعة عند الشيخ سعيد بن ناصر السيفي
كان الشيخ سعيد بن ناصر السيفي من المقربين لدى الإمام الرضي محمد بن عبدالله الخليلي يذكر عن الشيخ السيفي أنه كان قوي المطالعة شديد الحنكة إذا جرت المباحاثات في المسائل المشكلة بين العلماء توقفت مطالعتها عليه ولقد إمتاز بذلك عند الإمام الخليلي عن سائر أقرانه (رضي الله عنه) فكلما خفت مسألة قال الإمام الخليلي أين الشيخ سعيد فيقصد المطلوب في أجزاءه وصفحته.

الشيخ سعود بن عمير والحورية
كان الشيخ سعود بن عمير مشهوراً بالفضل والورع وكان معاصراً للشيخ العلامة أحمد بن سعيد الخليلي، يروى أنه رأى حورية تطعمه من فاكهة الجنة في اليوم الذي مات فيه وقالت له ستكون الليلة معنا ففاضت روحه الطاهرة في نفس اليوم وقد ذكر الشيخ أبو سرور في قصيدته السمائلية ذلك حيث يقول:"وأين من أطعمته الحور فاكهةً"

عبدالله بن الزبير ومؤذن الحجاج
لما كان عبدالله بن الزبير محاصراً من قبل الحجاج بن يوسف كان عبدالله بن عمر يصلي من إبن الزبير فإذا فاتته الصلاة معه وسمع مؤذن الحجاج إنطلق فصلى معه فقيل له تصلي من إبن الزبير ومع الحجاج؟ فقال إذا دعونا الى الله أجبانهم وإذا دعونا إلى الشيطان تركناهم.

دعوة العلامة أحمد بن حمد الخليلي
زار الشيخ العلامة أحمد بن حمد الخليلي أرض زنجبار وفي أحد مساجد زنجبار طلب إمام المسجد من شيخنا الجليلي أن يدعو على حانة للخمر قريبة ومجاورة للمسجد يتأذى منها المسلمون عند دخولهم وخروجهم وكان إمام المسجد قد عرض على صاحب الحانة عدة إقتراحات إما نقلها أو شراؤها لكن صاحب الحانة لم يوافق على العرضين وأصّر على إيذاء المسلمين فشكا إمام هذا المسجد للشيخ وطلب منه أن يدعو عليها ولم يتوان شيخنا عن ذلك فدعا عليها بما يسّره الله عليه وبعد حين علم الجمع أن الحانة قد إحترقت بما فيها ولم ينج صاحبها إلا بجلده فأصبحت بعد دقائق قليلة كالرماد فإستبشر الجمع وحمدوا الله كثيراً.

مصير الباغي
رجل من أهل البغي حاول الإنتقام من الشيخ العلامة البشير بن المنذر فصعد على سطح المسجد الذي يصلي فيه الشيخ بنية الإغتيال فسقط نتيجة دوار شديد من سطح المسجد ميتاً.